РНК-секвенування: аналіз даних в R

Загальний опис

Цей практичний курс надає підготовку з біоінформатичного аналізу експресії генів, зосереджуючись на аналізі РНК-секвенування з використанням R, R Studio та різних пакетів R. Крім того, курс знайомить з основними концепціями аналізу РНК-секвенування поодиноких клітин.

Всі наші викладачі є практикуючими біоінформатиками, які виконують біоінформатичні аналізи в рамках своїх робочих обов'язків або академічних досліджень. Їхній досвід викладання ґрунтується на їхній професійній діяльності та попередньому досвіді викладання на курсах НУО "Геноміка UA".

Кожне заняття складається з 30-хвилинної вступної лекції та 90-хвилинного практичного заняття. Під час цих занять студенти будуть займатися аналізом реальних даних під керівництвом інструктора, брати участь в інтерактивному оцінюванні та матимуть можливість ставити запитання.

Курс починається з R boot camp, який знайомить новачків з мовою програмування R та R Studio, а також слугує повторенням для тих, хто вже знайомий з R. Після цього курс охоплює низку тем, включаючи основи аналізу експресії генів, просунуті підходи до роботи з R, диференціальний аналіз експресії за допомогою DESeq2, візуалізацію даних, функціональний аналіз та аналіз транскриптомів поодиноких клітин.

Курс завершується підсумковим оцінюванням у формі тестів з декількома варіантами відповідей.

Крім того, курс включає командний проект, в якому студенти аналізують дані експресії з загальнодоступного набору даних, починаючи з матриці прочитань. Викладачі надають набір даних та об'єднують студентів у невеликі групи по 2-3 учасники. Кульмінацією курсу є дві заключні сесії, зосереджені на студентських презентаціях та зворотному зв'язку від викладачів. Хоча ці міні-проекти не оцінюються, успішні команди отримають додаткові сертифікати від ГО "Геноміка UA", підписані викладачами.

Всі тренінги проводитимуться українською мовою, але оскільки біоінформатика документується англійською мовою, а в цій галузі використовується усталена англійська термінологія, на кожній сесії буде надано необхідну довідкову інформацію.

Заняття
1. Вступ до R. Частина 1
Валерія ВАСИЛЬЄВА

Навігація у RStudio, знайомство зі структурою R-скриптів. Поняття про класи та типи даних. Базове написання коду, включаючи синтаксис, нарізку даних, підстановку та перетворення. Застосування циклів, розгалужень (if-else) та створення функцій.

2. Вступ до R. Частина 2
Валерія ВАСИЛЬЄВА

Завантаження та експорт файлів. Ілюстрація основних кроків у дослідженні даних. Коротке порівняння базових можливостей R та Tidyverse. Візуалізація даних та інтерпретація графіків.

3. Основи аналізу даних РНК-секвенування. Частина 1
Сергій НАУМЕНКО

Вступ до аналізу експресії генів та даних РНК-секвенування. Планування та дизайн експерименту. Сирі дані. Метадані. Типи та методи нормалізації. P-значення та поправки на множинне тестування. Негативний біноміальний розподіл та дані експресії генів.

4. Основи аналізу даних РНК-секвенування. Частина 2
Сергій НАУМЕНКО

Знайомство з набором даних, що використовуються в курсі. Розгляд основних етапів та скриптів для аналізу експресії генів в обраному наборі даних.

5. Вступ до R. Частина 3
Валерія ВАСИЛЬЄВА

Тест на нормальність, перетворення даних, тест на гомоскедастичність. Розуміння коваріації та кореляції, перевірка гіпотез (t-тест, ANOVA).

6. Диференційна експресія. Частина 1
Олександр ПЕТРЕНКО

Попередня обробка та анотація генів, “exploratory” аналіз, включаючи зниження вимірності (PCA, t-SNE), вплив нормалізації на зниження вимірності.

7. Диференційна експресія. Частина 2
Олександр ПЕТРЕНКО

Вибір тестів DESeq2, визначення критеріїв диференціальної експресії генів, попарне тестування, множинне порівняння груп, інтерпретація результатів, інструменти диференціальної експресії за межами DESeq2.

8. Візуалізація даних. Частина 1
Олександр ШИНКАРЕНКО

Вступ до візуалізації даних. ggplot2. Базові графіки. Визначення середнього, медіани та моди. Вибір і застосування параметричних і непараметричних тестів. Коробка та скрипковий графік. Аналіз головних компонент та t-SNE.

9. Візуалізація даних. Частина 2
Олександр ШИНКАРЕНКО

Діаграми Венна та діаграми UpSet. Графіки типу «вулкан». Теплові карти. Інтерактивні графіки. Кращі практики Rmarkdown. Вбудовування таблиць і файлів. Структура звіту bulk RNA-Seq.

10. Функціональний аналіз. Частина 1
Марина КОРШЕВНЮК

Функціональні підходи: збагачення генних наборів, аналіз сигнальних шляхів. Робота з базами даних GO, Reactome та KEGG.

11. Функціональний аналіз. Частина 2
Олександр ПЕТРЕНКО

Основи теорії графів та мережевого аналізу. Коекспресія генів, транскрипційна регуляція, ідентифікація хаб-генів та інтерпретація.

12. Вступ до РНК-секвенування поодиноких клітин. Частина 1
Марина КОРШЕВНЮК

Вступ до аналізу РНК-секвенування поодиноких клітин з використанням Seurat та наборів даних PBMC: нормалізація, кластеризація, диференціальна експресія між кластерами та між станами.

13. Вступ до РНК-секвенування поодиноких клітин. Частина 2
Марина КОРШЕВНЮК, Сергій НАУМЕНКО

Аналіз одноклітинного РНК-секвенування: візуалізації. Методи деконволюції експресійних сигнатур.

14-15. Презентації проектів та сесії зворотного зв'язку

Презентація студентських проектів та зворотній зв'язок від викладачів.

Рівень
Бакалавранти, магістранти, аспіранти
Тривалість
1 серпня- 25 вересня
Мова
Українська
Сертифікат
1 кредит ЄКТС
Розклад занять

Дата

Час

Тема

Викладач

02.08.2024 П'ятниця

19:00

Вступ до R. Частина 1

Валерія ВАСИЛЬЄВА

05.08.2024 Понеділок

19:00

Вступ до R. Частина 2

Валерія ВАСИЛЬЄВА

09.08.2024 П'ятниця

19:00

Основи аналізу даних РНК-секвенування. Частина 1

Сергій НАУМЕНКО

12.08.2024 Понеділок

19:00

Основи аналізу даних РНК-секвенування. Частина 2

Сергій НАУМЕНКО

16.08.2024 П'ятниця 

19:00

Вступ до R. Частина 3

Валерія ВАСИЛЬЄВА

19.08.2024 Понеділок

19:00

Диференційна експресія. Частина 1

Олександр ПЕТРЕНКО

23.08.2024 П'ятниця

19:00

Диференційна експресія. Частина 2

Олександр ПЕТРЕНКО

26.08.2024 Понеділок

19:00

Візуалізація даних. Частина 1

Олександр ШИНКАРЕНКО

30.08.2024 П'ятниця

19:00

Візуалізація даних. Частина 2

Олександр ШИНКАРЕНКО

02.09.2024 Понеділок

19:00

Функціональний аналіз. Частина 1

Олександр ПЕТРЕНКО, Марина КОРШЕВНЮК

06.09.2024 П'ятниця

19:00

Функціональний аналіз. Частина 2

Олександр ПЕТРЕНКО

09.09.2024 Понеділок

19:00

Вступ до РНК-секвенування поодиноких клітин. Частина 1

Марина КОРШЕВНЮК

13.09.2024 П'ятниця 

19:00

Вступ до РНК-секвенування поодиноких клітин. Частина 2

Марина КОРШЕВНЮК,    Сергій НАУМЕНКО

16.09.2024 Понеділок

19:00

Презентації проектів та сесії зворотного зв'язку

 

23.09.2024 Понеділок 19:00 Презентації проектів та сесії зворотного зв'язку  
Викладачі

PhD кандидат з персоналізованої медицини та мультиоміки окремих клітин, Медичний Центр Університету Гронінгену, Нідерланди

Лікар-дослідник та науковий співробітник Медичного університету Відня

Біоінформатик, співзасновник та колишній технічний директор компанії HTuO Biosciences Inc. (м. Ванкувер, Канада).

Вчений-біоінформатик, кандидат біологічних наук, спеціаліст з геномної біоінформатики в програмі скринінгу новонароджених провінції Онтаріо, Канада

Магістрантка в Університеті Шербруку, Канада